1. Masjid An Nurumi 
Masjid An Nurumi merupakan masjid kecil di tepi jalan Jogja-Solo dengan arsitektur cukup unik. Kubah atapnya mirip bangunan di Moscow, Russia. Kubahnya berbentuk aneh dan berwarna-warni. Mesjid ini dikenal juga dengan nama Masjid Kremlin. Ada juga yang menjuluki Masjid Permen, sebab kubahnya warna-warni mirip permen lolipop.
2. Masjid Bawah Tanah Tamansari
Masjid Taman sari terletak di bawah tanah kompleks Taman Sari Jogjakarta. Masjid Tamansari dibangun pada paruh pertama abad lalu. Masjid ini memiliki arsitektur yang unik. Masjid bawah tanah ini terdiri atas dua lantai berbentuk bulat dengan rongga- rongga jendela di bagian luarnya. Lantai bawah dipakai untuk jamaah wanita, lantai atas untuk jamaah pria. Tangga dari lantai bawah menuju ke lantai atas terletak di tengah-tengah lingkaran. Selain itu terdapat sebuah kolam kecil berbentuk bulat di tengah masjid serta tangga yang melintang di atasnya.
3. Masjid Cipari
Masjid Cipari atau A-Syuro, adalah salah satu masjid tertua di Garut, Jawa Barat. Bentuk bangunan mesjid ini cukup unik karena mirip bangunan gereja dengan bentuk bangunannya yang memanjang dengan pintu utama persis ditengah-tengah nampak muka bangunan, juga keberadaan menaranya yang terletak di ujung bangunan persis diatas pintu utama. Masjid Cipari ini juga memiliki sejarah perjuangan, karena dahulu digunakan sebagai basis perjuangan rakyat dan tentara.
4. Masjid Menara Kudus
Masjid Menara Kudus disebut juga sebagai mesjid Al Aqsa dan Mesjid Al Manar adalah mesjid yang dibangun oleh Sunan Kudus. Keunikan dari bangunan masjid ini adalah menara berbentuk candi bercorak Hindu Majapahit. Bentuk arsitekturalnya yang sangat khas untuk sebuah menara masjid itulah yang menjadikannya begitu mempesona. Keunikan lainnya, mesjid ini dibangun dengan menggunakan batu dari Baitul Maqdis dari Palestina sebagai batu pertama. Mesjid ini terletak di kabupaten Kudus, Jawa Tengah.
5. Masjid Muhammad Cheng Ho
Masjid Muhammad Cheng Ho berada di Jalan Gading, Kota Surabaya. Mesjid ini tercatat di Museum Rekor Indonesia (MURI) sebagai salah satu masjid terunik. Bangunan mesjid ini tidak berbentuk seperti mesjid pada umumnya karena dibuat dengan arsitektur khas Tiongkok. Bentuk bangunan ini mirip Masjid Niu Jie di Beijing yang berusia lebih dari 100 tahun.
6. Masjid Perahu
Masjid yang terletak di sebuah gang kecil yang terapit oleh Apartemen Casablanca, Jakarta ini aslinya bernama Al Munada Darrusalam. Mesjid ini lebih dikenal sebagai masjid perahu karena di samping masjid itu terdapat bangunan beton yang menggambarkan sebuah perahu raksasa. Bangunan berbentuk perahu tersebut difungsikan sebagai tempat wudhu untuk kaum muslimat, sementara untuk kaum muslimin berada pada sisi yang berbeda. Suatu keunikan yang tak dimiliki oleh masjid-masjid lainnya.
7. Masjid Pintu Seribu
Masjid Nurul Yakin atau lebih dikenal dengan sebutan masjid Sewu (seribu) memiliki keunikan tersendiri dibandingkan dengan masjid lainnya karena mesjid ini memiliki seribu pintu. Masjid seribu ini menjadi salah satu tempat paling menarik bagi wisatawan. Tak hanya wisatawan lokal tapi wisatawan asing. Mesjid ini terletak di Kp.Bayur Tangerang.